乳酸菌死菌与活菌的功能有着一定的差异性，通常我们认为活菌产品的增益作用更强。在我国，规定乳酸菌饮料必须要在产品以及标签上标注杀菌(非活菌)型以及末杀菌型，这样消费者在选购产品时就可以通过标识进行自由区分。例如活菌型的乳酸菌饮料，储藏与运输过程通常要在冷链中进行，以此来确保产品温度在2°C-8°C低温条件下。但是脱离冷链还会导致乳酸菌活菌数量的减少，严重还会影响产品的口感。消费者在购买后应立刻放入冰箱中进行冷藏保存。

另外市场上还有一种产品就是配制型含乳饮料，此一类产品和乳酸菌饮料截然不同，它没有经过乳酸菌发酵，直接利用乳作为原料，在里面加入水、白砂糖和甜味剂、酸味剂等配料混合而成，而这些消费者在购买时都可以通过包装上的标识进行区分。乳酸菌饮料与酸奶虽然都是经过发酵的乳制品，但是两者的第一个不同点在于蛋白质含量的不同，乳酸菌饮料蛋白质含量通常在0.7-1.0%内，而酸奶产品的蛋白质含量远不止于此；第二个不同的点是大部分活性乳酸菌饮料中的乳酸菌含量通常高于酸奶。

饮用酸奶还能够获取较多的乳蛋白以及乳钙，少量的乳糖和乳源性维生素和以及一定数量的乳酸菌，饮用活性乳酸菌饮料主要是能够给人体获取一定的乳酸菌。消费者可以根据自身需求选购产品。